刘东立
- 作品数：52 被引量：247H指数：9
- 供职机构：陕西省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：陕西省科学技术研究发展计划项目国家重大科学仪器设备开发专项陕西省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学理学轻工技术与工程更多>>
- 炭疽与蜡样芽胞杆菌rpoB基因交叉反应的分子分析被引量：3
- 2017年
- 目的发现炭疽芽胞杆菌与蜡样芽胞杆菌rpo B基因PCR交叉反应,对产生交叉反应的原因进行研究。方法对分离自食品及土壤的芽胞杆菌进行形态染色、生化反应、飞行时间质谱、蛋白毒素结晶试验、根状生长试验、炭疽噬菌体裂解试验、炭疽杆菌及蜡样杆菌荧光定量PCR等鉴定,并对rpo B基因实时荧光定量PCR扩增产物进行克隆测序,比对基因序列。对部分菌株进行MLST分型,探讨交叉反应的遗传关系。结果部分芽胞杆菌炭疽实时荧光定量PCR试验出现rpo B扩增阳性,经鉴定为蜡样芽胞杆菌。rpo B扩增产物测序显示,与炭疽杆菌高度相似。MLST分型显示分布在不同的群,发现4种新的ST型。结论蜡样芽胞杆菌与炭疽芽胞杆菌的rpo B基因存在PCR交叉反应,其分子生物学基础是基因组序列的高度相似性,与菌株遗传变异关系不大,对炭疽杆菌及蜡样杆菌的基因诊断应该参考毒素质粒及染色体基因的联合鉴定。
- 李文涓石一李沈玲王维华张铮马琳刘长宏马国柱刘东立
- 关键词：炭疽芽胞杆菌蜡样芽胞杆菌
- 2022年陕西省一起霍乱疫情调查及全基组溯源分析被引量：2
- 2024年
- 目的对2022年陕西省城固县1起霍乱疫情调查溯源。方法对病例进行个案调查,对现场环境进行卫生学调查,收集当地气温及降水资料。采集病例、同餐人员及同期腹泻患者粪便或肛拭子样本,采集剩余食品、环境水体、水产品样本,进行霍乱弧菌核酸检测及分离培养。对分离到的霍乱弧菌进行血清学和质谱鉴定,利用国家致病菌识别网药物敏感试验指南进行药敏试验,提取菌株DNA进行毒力基因检测,利用二代测序平台进行全基因组测序,用测序拼接数据进行毒力基因及耐药基因预测,与既往分离的霍乱弧菌、pubMLST下载的国内外霍乱弧菌基因组序列进行核心基因组多位点序列分析(cgMLST)及核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP)。结果本起疫情从1例霍乱病例和1例带菌者中各分离到1株霍乱弧菌,均为O139群,携带ctxAB毒力基因,对磺胺类、碳青霉烯类、三代头孢菌素类、喹诺酮类、β-内酰胺类药物均敏感,而对氯霉素、多粘菌素类、四环素类、氨基糖苷类有抗药性;cgMLST分析结果显示,菌株为大流行菌克隆株序列型(ST)69型,与陕西省既往霍乱菌株无关联。同餐人员及同期腹泻病例共106人均未检出霍乱弧菌。水体样本96份,鱼类样本35份,环境样本7份,畜禽粪便样本7份。经霍乱弧菌核酸检测阳性2份,分别为文川河某处采集的鱼类样本2份中检出霍乱弧菌hlyA、O139群基因核酸阳性,ctxAB毒力基因阴性。结论本起疫情为霍乱弧菌O139群引起的散发疫情,其病原为国内的大流行菌株,感染来源可能与水产品污染有关,高温、干旱等因素是霍乱发生的原因之一。
- 刘东立陈雅丽张振才丁全明张铮李斌白洋马琳石一
- 关键词：霍乱弧菌
- TaqMan-LNA探针多重实时荧光定量PCR检测炭疽芽胞杆菌的研究
- 目的 设计检测多个靶基因的炭疽多重荧光定量PCR反应系统,建立快速准确的基因诊断方法,解决蜡样芽胞菌群基因诊断交叉反应问题.方法 选择炭疽杆菌PX01毒素质粒基因pagA,PX02毒素质粒基因capB,以及染色体上的前噬...
- 刘东立李文涓石一张铮马国柱张恩民李伟
- 关键词：炭疽锁核酸前噬菌体
- TaqMan-LNA探针多重实时荧光定量PCR检测炭疽芽胞杆菌的研究被引量：8
- 2018年
- 目的设计检测多个靶基因的炭疽多重荧光定量PCR反应系统,建立快速准确的基因诊断方法,解决蜡样芽胞菌群基因诊断交叉反应问题。方法选择炭疽杆菌PX01毒素质粒基因pagA,PX02毒素质粒基因capB,以及染色体上的前噬菌体λBa03基因PL3作为靶基因,利用在线荧光定量PCR引物设计软件设计、优化多重PCR引物以及相应的TaqMan探针序列,对探针进行LNA标记并优化荧光PCR反应体系,构建多重实时荧光定量PCR反应系统。以3对引物PCR扩增并克隆靶基因的质粒标准品,倍比稀释后进行敏感度试验,以炭疽、蜡样芽胞杆菌、苏云金杆菌、蕈状杆菌以及常见肠道致病菌进行特异度试验,利用炭疽弱毒株污染土壤及奶粉进行模拟检测。结果 TaqMan-LNA多重实时荧光定量PCR可迅速检出3个炭疽杆菌靶基因,常用的探针法荧光定量PCR反应液均适用;pagA、CapB、PL3基因克隆标准品序列正确;该方法对pagA、CapB、PL3基因的检出限分别为63、398、114copies/μl,且仅检出炭疽杆菌基因,其余4种蜡样芽胞菌扩增均阴性。土壤及奶粉样品检测均阳性,其中pagA近检出限为6.6×104/ml,PL3基因检出限为6.6×105/ml。结论 TaqMan-LNA多重实时荧光定量PCR方法具有适用性广,检测迅速,灵敏度及特异度高等特点,能够将炭疽杆菌与蜡样芽胞菌群中其他细菌相鉴别,可试用于炭疽杆菌的感染检测。
- 刘东立李文涓石一张铮马国柱张恩民李伟
- 关键词：炭疽锁核酸前噬菌体
- 农村寄宿制学校宋内氏志贺菌菌痢暴发调查及全基因组溯源分析
- 目的 对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻暴发事件进行流行病学调查,病原分离鉴定及分子溯源分析.方法 开展现场暴发调查,描述疫情三间分布,分析流行特征.采集病例肛拭子标本、剩余食物、环境及水源标本,进行病原分离鉴定.选择代表...
- 刘东立张义马国柱曹磊石一李文涓刘长宏史伟王舒张铮宁少奇孙亮关蓉晖张同军刘峰
- 关键词：宋内氏志贺菌PFGE
- 陕西省婴幼儿食品中分离的132株蜡样芽胞杆菌呕吐型基因的检测被引量：3
- 2018年
- 目的了解2012-2016年陕西省市售婴幼儿食品中蜡样芽胞杆菌的呕吐型基因的携带情况及携带呕吐基因菌株的分子分型。方法采用PCR方法对2012-2016年陕西省不同地区市售婴幼儿食品中收集到的132株蜡样芽胞杆菌的呕吐型基因进行检测,用多位点序列分型(MLST)方法对携带呕吐型基因的蜡样芽胞杆菌进行分子分型。结果132株蜡样芽胞杆菌中携带呕吐型基因的共计9株,携带率6.82%。这9株菌分为4个序列类型(Sequence Type,ST),分别为ST-100(11.11%,1/9)、ST-164(11.11%,1/9)、ST-246(11.11%,1/9)、ST-26(66.67%,6/9)。结论陕西省市售婴幼儿食品中的蜡样芽胞杆菌携带有呕吐型基因,携带率6.82%,以ST-26为主要流行株,基因型多样,地区间有地区特征性差异。
- 李文涓刘东立
- 关键词：婴幼儿食品蜡样芽胞杆菌
- 荧光定量PCR方法分析鲜鸡蛋贮藏过程蛋壳表面优势菌的变化被引量：1
- 2020年
- 为了分析不同地区鲜鸡蛋蛋壳表面微生物在储存过程中的变化情况,分别从3个地市采集鲜鸡蛋,于25℃储存56 d,并于第0、14、28、42和56天取样,利用pMD18-T载体通过构建4种优势菌属(葡萄球菌属、乳酸杆菌属、链霉菌属和肠球菌属)标准品,采用荧光定量PCR法对样本进行定量分析。结果表明,葡萄球菌属和乳酸杆菌属在储存14 d前呈增多趋势而后呈现下降趋势,链霉菌属在整个储存过程中呈上升趋势,肠球菌属28 d后呈下降趋势。葡萄球菌属和肠球菌属在不同地区之间存在统计学差异(P<0.05),乳酸杆菌属和链霉菌属地区间无统计学差异。综上所述,荧光定量PCR的方法能够更加具体地反映蛋壳表面微生物污染情况,从而为间接研究鸡蛋货架期提供理论依据。
- 石一武颂文李文涓袁璐李焱张浩帆马国柱刘东立
- 关键词：荧光定量PCR葡萄球菌乳酸杆菌
- 一起输入型食源性疾病病原的实验室快速检测及分子溯源分析被引量：3
- 2021年
- 目的通过对一起输入型食源性疾病的病原学鉴定和分子溯源分析,为科学指导临床诊断治疗及流行病学调查工作提供参考。方法收集20例腹泻病患者粪便标本,分别采用Filmarray快速鉴定和分离培养的方法,对分离到的菌株进行血清分型、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型、全基因组测序(WGS),通过基因序列比对对病原菌的毒力岛、毒力基因、耐药基因和质粒携带情况进行分析,通过多位点序列分型(MLST)和单核苷酸多态性(SNP)对菌株进行溯源。结果从2位患者粪便标本中分离培养得到的肠炎沙门菌PFGE型别一致,与本地沙门氏菌PFGE图谱有显著区别,分离株的毒力岛、毒力基因、耐药基因携带情况各不同,但都拥有一处非同义突变(gyrA基因),可能影响萘啶酮酸、环丙沙星的耐药性, MLST均为ST11型,SNP聚类结果显示与泰国临床分离株较为接近。结论加强入境旅客的健康监测,进一步做好输入性传染病防控工作,建立健全输入型疾病预警机制,尤其注意防范耐药菌输入风险的发生。
- 石一武颂文刘永杰刘长宏李文涓李雪梅马国柱刘东立
- 关键词：肠炎沙门氏菌PFGE毒力基因耐药基因
- 陕西省布鲁氏菌病流行病学分析及防治对策探讨被引量：29
- 2010年
- 目的分析2001-2008年陕西省人间布鲁氏菌病(简称布病)流行病学特征,为控制疫情提供依据。方法对陕西省人间布病报告病例及布病监测结果进行流行病学特征分析。结果 2001-2008年人间布病发病率上升8倍,疫区面积扩大,感染人数众多。结论长期坚持高密度大范围畜间免疫,形成免疫屏障,控制畜间布病,降低人间发病。
- 刘东立左树春任斌强钱会兰
- 关键词：布鲁氏菌病流行病学
- 陕西省韩城市利什曼原虫SSU rRNA基因系统发育研究被引量：4
- 2018年
- 目的了解陕西省韩城市黑热病区利什曼原虫种类及分子遗传特征。方法对来自韩城市的利什曼原虫阳性标本,进行SSU rRNA基因序列扩增,扩增产物进行测序,与其它不同种类、不同地区利什曼原虫的SSU rRNA基因序列进行比对,分析突变位点规律,建立系统发育树。结果有3份标本SSU rRNA基因序列扩增测序成功,其基因序列与杜氏利什曼原虫、夏科氏利什曼原虫、婴儿利什曼原虫的SSU rRNA序列同源性较高,与婴儿利什曼原虫在UQ-II突变区有一个位点的变异,并与新疆荒漠虫株、甘肃省利什曼虫株聚为一类。结论结合流行病学与SSU rRNA序列分析结果,陕西省韩城市黑热病病原体应为婴儿利什曼原虫。
- 张铮李欣妍刘东立王凤萍王安礼王天海
- 关键词：利什曼原虫SSURRNA分子鉴定
