林美华
- 作品数：17 被引量：23H指数：2
- 供职机构：广东医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省科技计划工业攻关项目广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学自动化与计算机技术更多>>
- 抵抗素基因多态性与2型糖尿病关联性分析被引量：5
- 2015年
- 目的探讨广东省汉族人群中抵抗素基因(RETN)的单核苷酸多态性(SNP)与2型糖尿病的关联。方法采用以医院为基础病例对照研究方法对2010年11月—2012年7月在广东省8家医院内分泌科就诊的595例2型糖尿病患者和同期在此8家医院健康体检的725名体检人群进行问卷调查,并采用SNPscanTM多重SNP分型试剂盒对筛选的2个tag SNP(rs7408174、rs3219175)进行基因分型;应用χ2检验、logistic回归模型等方法分析SNP位点与2型糖尿病的关联性。结果 rs7408174的TT、CT、CC基因型频数在病例组为329例(55.3%)、230例(38.7%)、36例(6.1%),在对照组为366人(50.8%)、308人(42.8%)、46人(6.4%);rs3219175位点的GG、GA、AA基因型频数在病例组为377例(63.4%)、200例(33.6%)、18例(3.0%),在对照组中为442人(61.0%)、253人(34.9%)、30人(4.1%);调整性别、体质指数和甘油三酯等因素后,rs7408174、rs3219175在等位基因关联分析和基因型关联分析中差异均无统计学意义(P>0.05)。结论广东省汉族人群rs7408174和rs3219175与2型糖尿病无关联。
- 修良昌任寒杨杰林美华欧阳平孔丹莉饶绍奇丁元林
- 关键词：2型糖尿病抵抗素单核苷酸多态性
- 基于分治法的海量生物数据处理的研究与应用被引量：1
- 2014年
- 海量生物数据的不断涌现,在数据处理方面所面临的诸多问题亟待解决,例如在算法设计上会存在内存读写溢出和算法效率低下等问题;本文提出了一种基于分治法进行海量生物数据处理的方法。首先对计算机可用的内存资源进行评估,并对处理数据过程中产生的内存读写开销进行计算,进而与面向对象设计相结合,基于分治法对存储于mysql中的WTCCC数据库数据进行分块,最终将数据处理成可以被Plink软件识别的标准数据。
- 覃继恒赵小蕾左晓宇林美华栾奕昭饶绍奇
- 关键词：生物数据分治法面向对象设计数据库数据内存资源
- 基于双聚类挖掘癌症共享的基因功能模块
- 2013年
- 基因多效性是癌症遗传机制中的普遍现象,但罕见系统性的分析。文章提出采用双聚类挖掘基因功能模块的新思路探索癌症的共享分子机制和不同癌症间的关系。获取20种癌症的基因表达数据,应用改良t检验和倍数法筛选出至少在两种癌症中差异表达的基因,得到10417×20的数据矩阵;采用双聚类方法获得22个癌症共享的基因簇;进一步富集分析得到17个基因功能模块(Bonferroni校正后P<0.05),主要参与有丝分裂染色单体分离的调控、细胞分化、免疫和炎症反应、胶原纤维组织等生物过程;主要执行ATP结合和微管活动、MHCⅡ类受体活性、肽链内切酶抑制活性等分子功能;活动区域主要在细胞骨架、染色体、MHCⅡ蛋白质复合体、中间丝蛋白、胶原纤维等。基于模块构建癌症相关网络,显示胃癌、卵巢腺癌、宫颈鳞癌和间皮瘤等之间相关程度较高,而两种血液系统癌症(急性髓细胞性白血病与多发性骨髓瘤)分子机制与其他癌症存在较大差异。可见癌症共享的基因功能模块与多种生物机制有关,癌症之间相似性可能与组织起源、共同的致癌机制等有关。文章提出的基因多效性分析方法有助于解释人类复杂性疾病的共享分子机制。
- 张凡林爱华林美华丁元林饶绍奇
- 关键词：癌症
- 一个中国G6PD缺乏症家系致病基因的突变分析被引量：2
- 2015年
- 目的对一个葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)缺乏症家系成员G6PD基因13个外显子全面测序,识别致病的突变位点及其遗传模式。方法在G6PD缺乏症高发区广东惠州地区收集到一个G6PD缺乏症核心家系,包括先证者(儿子)、患病母亲和正常父亲。取家系成员的外周血样,并提取基因组DNA,用PCR和DNA测序法对G6PD基因全部外显子进行序列分析。结果先证者及其母亲在G6PD基因第2号外显子出现同一点突变(c.95A>G,p.His32Arg),该突变引起组氨酸被精氨酸替换(CAC>CGC)。然而先证者父亲在G6PD基因的13个外显子均未出现突变。3种生物信息学软件均预测该突变对蛋白质功能具有较强的危害性。结论该家系中c.95A>G呈X连锁显性遗传,是G6PD缺乏症的致病突变位点之一。
- 林美华陈业达欧阳平赵翔谭艺青赵小蕾覃继恒饶绍奇
- 关键词：葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因突变
- 以蛋白质-蛋白质互作知识为引导的冠心病全基因组基因互作分析与风险功能模块识别
- 背景与目的:冠心病是世界上发病率和死亡率最高的疾病之一,其发病过程是多基因及环境共同作用的结果.传统的单基因分析方法只能发现有限的冠心病遗传变异,缺乏在系统层面上解释冠心病的发病机制的能力.本研究目的是发展和应用基于先验...
- 金律梁岩张乃尊赵小蕾林美华饶绍奇
- 脂联素基因多态性与2型糖尿病的关联研究被引量：2
- 2014年
- 目的探讨广东汉族人群中脂联素基因(ADIPOQ)的单核苷酸多态性(SNP)与2型糖尿病的关联。方法采用SNPscanTM多重SNP分型试剂盒,对筛选的2个tagSNP(rs822396、rs3774261)在595名2型糖尿病患者和725名健康对照中进行基因分型,并应用χ2检验、Logistic回归模型等方法分析SNP位点与2型糖尿病的关联性。结果调整性别、BMI和甘油三酯等因素后,rs822396在等位基因关联分析和基因型关联分析中均无统计学意义(P>0.05),rs3774261在等位基因关联分析中亦无统计学意义[P=0.077,OR(95%CI)=1.18(0.98,1.41)],但在显性模型下的基因型关联分析中有统计学意义[P=0.028,OR(95%CI)=1.36(1.03,1.79)]。结论在广东汉族人群中,rs822396与2型糖尿病无关联,rs3774261与2型糖尿病的遗传易感性有关,但其具体机制尚需进一步探讨。
- 修良昌张杨林美华欧阳平覃继恒赵小蕾孔丹莉饶绍奇丁元林
- 关键词：脂联素糖尿病多态性单核苷酸
- 基于知识学习的冠心病风险功能模块挖掘方法研究
- 2013年
- 目的发展基于先验知识策略挖掘冠心病风险功能模块的网络分析方法。方法通过蛋白－蛋白互作知识引导扩展冠心病风险基因，构建冠心病特异性基因网络。应用Newman谱算法分解网络获取其中的高度模块化的网络模块（子网），并对各模块进行网络拓扑性质评价和功能富集分析。结果应用266个冠心病易感基因作为种子基因，由蛋白－蛋白互作知识引导构建了冠心病特异性网络，其中包含1819个基因和9767个互作对。应用谱分解法提取了14个模块，其中多数符合无标度网络特性。功能富集分析发现这些模块参与系列已知的冠心病风险生物学通路以及一些新的冠心病风险通路。结论应用表明本文提出的知识学习方法是一种识别复杂疾病风险功能模块的有效方法。
- 李豪丽左晓宇欧阳平林美华赵忠梁岩钟寿强饶绍奇
- 关键词：数据挖掘冠心病
- 基于脂肪细胞因子信号通路的2型糖尿病风险预测模型研究
- 背景与目的:2型糖尿病是环境因素和遗传因素共同参与和相互作用导致的复杂疾病.研究表明若对高危人群采取积极的生活方式干预,可显著减少2型糖尿病的发生.根据已知危险因素构建风险预测模型,识别高危人群将是2型糖尿病预防控制的关...
- 修良昌饶绍奇林美华欧阳平孔丹莉丁元林
- 生物信息学在血吸虫研究中的应用进展
- 2012年
- 寄生虫病严重危害人和动物的健康,有些寄生虫如血吸虫被认为是对人类危害最为严重的病原之一,但目前防治寄生虫病尚存在困难,随着科学的发展,运用生物技术手段来控制寄生虫病将成为可能,本文简要概述了生物信息学在寄生虫学中的应用进展。
- 刘远航王晓光欧阳平林美华饶绍奇刘瑞军邵筱
- 关键词：寄生虫生物信息学
- 中国人群ApoB XbaI基因位点多态性与冠心病关联性的Meta分析被引量：2
- 2015年
- 目的应用Meta分析探讨中国人群载脂蛋白B（apolipoprotein，ApoB）Xbal基因位点多态性与冠心病易感性的关联。方法应用哈代．温伯格遗传平衡检验对人选文献的基因型进行遗传平衡性检验，根据异质性检验结果选用固定或随机效应模型，采用Begg’s秩相关法和Egger’s线性回归法对发表偏倚进行量化检测，应用Stata 12．0软件进行Meta分析。结果共16篇文献符合条件纳入研究，纳入文献存在发表偏倚，但稳健性和敏感性分析显示其不影响Meta分析结果的稳定性和可靠性。以等位基因X^-为参照，X^＋的合并统计量OR（95％CI）为1．81（1．30，2．51）差异有统计学意义（P=0．018）；以基因型X^-X^-为参照，X^＋X^＋＋X^＋X^-基因型的合并统计量OR（95％CI）为1．76（1．26，2．44），差异有统计学意义（P=0．037）。结论在中国人群中，ApoB XbaI基因位点是冠心病的一个重要的易感位点。
- 陈业达林美华谭艺青赵翔饶绍奇
- 关键词：冠心病载脂蛋白B多态性META分析
