张莹
- 作品数：4 被引量：8H指数：2
- 供职机构：中国药科大学生命科学与技术学院更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- α-螺旋跨膜蛋白拓扑结构预测方法的评价被引量：3
- 2012年
- 在基因组数据中,有20%～30%的产物被预测为跨膜蛋白,本文通过对膜蛋白拓扑结构预测方法进行分析,并评价其结果,为选择更合适的拓扑结构预测方法预测膜蛋白结构。通过对目前已有的拓扑结构预测方法的评价分析,可以为我们在实际工作中提供重要的参考。比如对一个未知拓扑结构的跨膜蛋白序列,我们可以先进行是否含有信号肽的预测,参考Polyphobius和SignalP两种方法,若两种方法预测结果不一致,综合上述对两种方法的评价,Polyphobius预测的综合能力较好,可取其预测的结果,一旦确定含有信号肽,则N端必然位于膜外侧。然后结合序列的长度,判断蛋白是单跨膜还是多重跨膜,即可参照上述评价结果,选择合适的拓扑结构预测方法进行预测。
- 张莹徐晓燕李娟方慧生
- 关键词：Α-螺旋跨膜蛋白
- RNAProbeDesigner:mRNA探针特异性序列搜索方法
- 2012年
- mRNA不仅是生物体内蛋白质合成的"图纸",还参与生命活动的很多调节过程。随着分子影像技术的发展,mRNA探针在医药领域的应用越来越广泛。探针的特异性是衡量探针效果的重要指标。本文基于BLAST的序列搜索方法,根据目标mRNA中的每个片段与细胞中其他RNA的相似程度,筛选可用于特异性识别mRNA的寡核苷酸片段,并将该方法编写为一套自动化的mRNA探针特异性序列的搜索程序——RNAProbeDesigner。选取4种蛋白的mRNA对该程序进行测试,结果显示,该程序搜索出的片段中,有部分结果在以往的文献中已被报道用于相应探针的设计,从而证明了该方法的可靠性。
- 刘子朋艾观华李向真徐晓燕张莹李娟方慧生
- 关键词：BLAST探针设计
- 基因组水平上重构代谢网络的研究进展被引量：2
- 2012年
- 代谢网络是目前研究最多的生物网络,在代谢功能研究、生物代谢过程控制,疾病诊断分析和药物靶标设计等方面有重要理论和实践意义。基因水平上的代谢网络以基因组序列为基础,通过构建了基因-蛋白质-反应的关系重构生物体内代谢过程。这为理解生物体内代谢过程提供了一个高效的平台。文章综合近年来研究者在代谢网络重构的研究成果,介绍了代谢网络的重构步骤和重构工具,并探讨了重构代谢网络研究中存在的难题和研究前景。
- 徐晓燕张莹方慧生
- 关键词：代谢网络网络重构
- 人类CCR5三维结构的同源模建被引量：3
- 2012年
- 趋化因子受体(Chemokine receptor)是GPCR(G-protein coupled receptors)的超级家族成员,在各种免疫反应中有着重要的作用。CCR5是CC亚族趋化因子RANTES,MIP-1a,和MIP-1b的特异性受体。该文采用同源模建的方法,并通过胞外环区优化,动力学优化和能量最小化的方法初步得到了一个较为合理的CCR5的结构模型。说明该文采用的模建流程方法,在跨膜蛋白的同源模建中有着重要的作用,能给实际工作带来很好的指导作用。
- 张莹杨洪乾李娟方慧生
- 关键词：趋化因子受体同源模建
