郭燕
- 作品数：22 被引量：81H指数：6
- 供职机构：西安交通大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金陕西省自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生文化科学生物学理学更多>>
- 基于数据挖掘找寻冠心病靶向中西药物被引量：3
- 2018年
- 目的基于数据挖掘分析冠心病及其并发症中显著差异表达的基因,整合中西药靶点数据库,筛选出联合用药的靶点及靶向的中西药,为临床治疗奠定基础。方法 (1)从GEO数据库搜集冠心病、心肌梗死及动脉粥样硬化的表达数据,采用python软件scipy模块单因素方差分析找寻在三种表型中表达显著差异的基因;(2)KEGG通路富集分析找到关键差异基因,用STRING网站和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(protein protein interaction,PPI)网络;(3)整合中西药数据库,筛选出联合用药的靶点及其药物。结果通过差异表达分析确认18个在三种表型中表达趋势一致且显著差异的基因,通路富集分析发现TLR4、CLEC4E、LAMP2显著富集在炎症相关的肺结核信号通路中(P=0.0195)。互作蛋白靶向药物分析结果表明,在Drug bank中共找到22种西药,其中2种药物作用于2个靶点,在TCMSP中共找到23味中药,其中11味中药作用于2个靶点。结论 TLR4,CLEC4E,LAMP2可作为冠心病及其并发症联合用药的靶点,研究结果将为药物作用效率的提高及临床上联合中西药治疗冠心病及并发症奠定基础。
- 卢冰婕荣誉宋兰兰杨铁林魏霞蓁郭燕
- 关键词：冠心病心肌梗死数据挖掘联合用药
- 孟德尔随机化探究2型糖尿病与急性心肌梗死的性别特异性因果关系被引量：7
- 2021年
- 目的观察性研究结果显示2型糖尿病(type 2 diabetes,T2D)是急性心肌梗死(acute myocardial infarction,AMI)发生的风险因素,且这种风险存在一定的性别差异。然而观察性研究常受到混杂因素的影响,明确两者的因果关系有助于AMI的防控。本研究旨在利用孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)模型揭示T2D与AMI之间的因果效应及性别特异性。方法T2D和AMI的全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)结果汇总数据来源于欧洲。T2D数据共包含890002例样本,其中男性425613例样本,女性464389例样本。AMI数据一共355246例样本。利用T2D显著相关且独立的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs)作为工具变量,在总体及不同性别中利用两样本MR方法评估T2D与AMI的因果关联。以逆方差加权法(inverse variance weighted,IVW)作为主要的分析方法,使用Cochran Q检验检测性别异质性。结果分析结果显示,整体人群中T2D对AMI的因果效应呈正相关(OR=1.06;95%CI:1.04~1.09)。男性人群与总体人群的结果相似(OR=1.03;95%CI:1.02~1.04),但是在女性人群中并没有观察到T2D与AMI的因果关系(OR=1.01;95%CI:1.00~1.02)。异质性分析显示男性和女性之间的结果确实存在显著差异(P=0.004)。结论本研究结果表明T2D会增加AMI的患病风险,且这种效应在男性群体中更加明显,具有性别特异性。
- 丁景苗周晓蓉俞可郭燕董珊珊
- 关键词：2型糖尿病急性心肌梗死
- 结合吸烟与遗传因素交互作用鉴定骨质疏松症易感基因被引量：8
- 2018年
- 目的系统分析吸烟与骨质疏松症间的交互作用,挖掘互作基因,阐明吸烟影响骨质疏松症的功能机制。方法整合基因表达谱数据,通过双因素方差分析挖掘吸烟和骨质疏松症遗传因素互作基因,并结合通路富集分析挖掘功能性骨相关代谢通路。利用GWAS芯片,通过基因环境互作分析验证功能通路内互作基因,最后利用蛋白网络分析发掘互作基因参与的核心调控网络。结果表达谱分析鉴定了441个同时与吸烟和骨质疏松症密切相关的风险基因;通路富集分析揭示了吸烟调控骨质疏松症的潜在关键代谢通路—间隙连接;通过全基因组基因环境互作分析,我们验证了多个潜在关键风险基因,并且通过蛋白网络分析揭示了1个包含13个蛋白的潜在吸烟骨质疏松症互作核心调控网络。结论本研究发现了1个潜在的吸烟影响骨质疏松症的分子调控模型,对于相关疾病机制认识及后续药物靶点开发提供了新思路。
- 杨波陈晓峰段媛媛郭燕
- 关键词：骨质疏松吸烟基因表达谱双因素方差分析
- 孟德尔随机化探究细胞因子与深静脉血栓的因果效应被引量：6
- 2021年
- 目的深静脉血栓是一种受遗传和环境影响的复杂疾病。已有诸多研究证明免疫相关的细胞因子与深静脉血栓具有相关性,但尚无研究对它们之间的因果关系进行分析。因此,本研究利用孟德尔随机化模型系统地筛选对深静脉血栓有因果效应的细胞因子。方法基于细胞因子和深静脉血栓的全基因组关联研究结果的数据,分别用IVW和MR-Egger两种两样本MR(Mendelian randomization)方法评估了包括生长因子、趋化因子、白介素、肿瘤坏死因子及其他类共计41个细胞因子与深静脉血栓和下肢深静脉血栓的因果关系,并利用多种方法检验多效性。结果孟德尔随机化分析结果显示,白细胞介素12p70对深静脉血栓存在显著的正向因果效性(IVW:OR=1.03;95%CI:1.01~1.04;P<0.001),对下肢深静脉血栓的发生也有潜在的促进作用(IVW:OR=1.02;95%CI:1.01~1.04;P=0.008)。结论本研究结果表明白细胞介素12p70会促进深静脉血栓的形成。
- 唐仕浩张堃刘春贵薛汉中黄伟张堃郭燕郭燕
- 关键词：深静脉血栓细胞因子
- 骨质疏松症易感基因BDNF的遗传学关联分析及功能研究被引量：6
- 2017年
- 为探索脑源性神经营养因子BDNF基因与中国汉族人群骨密度(bone mineral density,BMD)的关系,解析该基因调节骨质疏松症的功能机制,进而为中国汉族人群的骨质疏松症的防治提供依据。本研究从我国陕西地区征集了1300例汉族样本,并测量髋部/脊椎骨密度。选取BDNF基因上的14个标签SNPs进行基因分型,与1300例样本BMD进行关联分析,发现8个SNPs与髋部/脊椎BMD显著关联(P<0.05)。其中,SNP rs16917237同时与髋部和脊椎骨密度关联,经Bonferroni校正后仍表现出显著性(0.05/14=0.0036)。整合连锁不平衡和单体型分析、表观功能注释、表达数量基因座分析、代谢通路分析进一步探索BDNF基因调节骨质疏松症的机制。构建小鼠前成骨细胞系(MC3T3-E1)人骨形态形成蛋白(rh BMP-2)诱导分化模型,利用小干扰RNA(si RNA)敲除BDNF。结果显示:14个SNPs位于同一单体型内;rs16917237在成骨细胞中表现出较强的激活型组蛋白H3K4me1、H3K4me3、H3K27ac修饰信号以及P300结合信号,表明其在成骨细胞中可能具有调控活性;rs16917237在11个组织中均能显著影响BDNF基因表达;BDNF基因位于与成骨细胞增殖分化相关的MAPK通路中;BDNF敲低能够显著降低MAPK通路中与成骨分化相关的CREB基因m RNA和蛋白表达水平,提示其可能通过调控CREB表达进而影响成骨分化。生物信息学分析和功能实验结果一致,表明BDNF基因可能是影响骨质疏松症的重要功能基因。
- 杨熳卢冰婕段媛媛陈晓峰马建岗郭燕
- 关键词：单核苷酸多态性BDNF骨质疏松症成骨分化
- Hi-C技术在三维基因组学和疾病致病机理研究中的应用被引量：1
- 2023年
- 三维基因组学在基因组序列、基因结构及其调控元件的基础上对细胞核内的染色质的三维空间结构进行研究。染色体的空间交互作用是基因表达调控的重要因素,随着高通量染色体构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术及其衍生技术的出现和快速发展,借助Hi-C技术获取高通量三维基因组学数据,对基因表达调控等生物过程进行研究,已成为揭示细胞深层机制、阐明疾病致病机理的重要手段。本文在介绍三维基因组的发展历程和研究技术的基础上,重点总结了近年来Hi-C技术在多种疾病研究、特别是致病机理阐释方面的应用和成果,为深入理解三维基因组学在构建全局基因调控图谱、挖掘疾病致病机理方面的应用提供参考和借鉴。
- 王舜泽江丰朱东丽杨铁林郭燕
- 关键词：染色质结构基因表达调控
- SOX6基因3'UTR区野生型和突变型重组质粒的构建与鉴定
- 2016年
- 目的:构建含单核苷酸多态性(SNP)位点rs1065024的SOX6基因3'UTR双荧光素酶报告基因载体,并用生物信息学软件预测与rs1065024位点区域相结合的mi RNA,为进一步研究此SNP位点的功能及mi RNA与SOX6基因3'UTR区之间的关系奠定基础。方法:提取人全血基因组DNA,以基因组DNA为模板,通过PCR扩增含SNP位点在内的SOX6基因3'UTR片段,经过胶回收纯化后,将回收的目的片段插入双荧光素酶报告基因载体p MIR-REPORT中,再经DH5a转化扩增,挑单克隆进行菌落PCR并进行质粒提取,对质粒进行双酶切鉴定,最后进行DNA测序鉴定。针对SNP进行定点突变,构建出野生型和突变型重组质粒,并用生物信息学软件预测出与SNP位点相结合的mi RNA。结果:经单菌落质粒测序验证显示带有T碱基的SOX6基因3'UTR重组质粒p MIR-REPORT-3'UTR-T构建成功;经定点突变,成功将p MIR-REPORT-3'UTR-T质粒转变为p MIR-REPORT-3'UTR-C,经比对未引入任何其他突变;生物信息学预测显示,rs1065024位点位于mi R-190b、mi R-190a-5p、mi R-451b、mi R-4791与SOX6基因3'UTR的结合区域,其多态的改变可以影响mi RNA与m RNA的结合效率。结论:本研究成功构建了含SNP位点rs1065024的p MIR-REPORT-SOX6-3'UTR野生型和突变型重组质粒,为今后SOX6基因3'UTR的SNP位点的功能及mi RNA与SOX6基因3'UTR区之间的关系研究奠定基础。
- 郭燕朱东丽张燕闫菡杨铁林
- 关键词：SO
- 骨质疏松症易感区域1p36.12非编码SNP通过远距离成环调控LINC00339的机制研究
- 全基因组关联分析(genome-wide association studies, GWAS)已成功鉴定数百个与骨质疏松症相关的风险易感变异,其中基因座1p36.12存在多个骨质疏松症相关易感变异,已被多项独立研究重复验...
- 杨铁林陈晓峰段媛媛朱东丽郭燕
- 关键词：骨质疏松症非编码增强子CRISPR
- 文献传递
- 孟德尔随机化探究类风湿性关节炎与冠状动脉疾病因果关系以及步行速度的介导作用被引量：3
- 2020年
- 目的类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)患者的冠状动脉疾病(coronary artery disease, CAD)发生风险会升高。由于关节疼痛/僵硬或其他关节问题, RA患者的身体素质通常会有所降低,比如步行速度下降。但是,RA、步行速度和CAD这3者之间的因果关联目前尚不清楚。本研究旨在采用网络孟德尔随机化方法研究RA与CAD因果关系及步行速度在该因果关系中的介导作用。方法公共数据库下载RA、CAD和步行速度的全基因组关联研究(genomewide association study, GWAS)统计结果数据,进行两样本的孟德尔随机化分析。RA数据共有103 688例样本,CAD数据有547 261例样本,步行速度有452 264例样本。选取与RA和步行速度相关的独立SNP作为工具变量。使用逆方差加权法与加权中值法进行因果关系分析,并采用MR-Egger和留一法进行模型评价。结果分析结果显示,RA与CAD的总体因果效应是正相关(OR=1.03, 95%CI:1.01~1.04, P=3.90×10-5),RA与正常步行速度负相关(β=-0.02, 95%CI:-0.04^-0.01, P=3.15×10-4)。步行速度与CAD有显著的负因果效应(OR=0.841, 95%CI:0.81~0.88, P=3.43×10-15),中介分析显示,步行速度对RA与CAD的关联效应的贡献比为15.8%。结论总之,本研究结果表明RA会增加CAD的发生风险且步行速度可能在此因果关系中起到重要的介导作用。
- 冯俊铖丁景苗张堃董珊珊刘晓刚郭燕
- 关键词：类风湿性关节炎冠状动脉疾病
- 大学生科研创新能力培养的实践及效果分析被引量：9
- 2015年
- 大学生科研创新能力培养在目前国内外教学中受到普遍重视。文章针对大学生科研创新能力培养的现状及存在问题,提出大学生科研创新能力培养的途径及措施,包括提倡课题设计在内的教学方式,学生与教师的科研团队实行双向选择,实施学科交叉人才培养计划,采用课堂教学新模式,进一步改革考核标准并实行奖励制度,等。西安交通大学第一附属医院通过大学生教学实践改革新举措,不断完善大学生科研创新能力培养体系,探索新型教育模式,已取得显著教学成果和科研业绩。
- 魏永长宋安齐陈雪峰常建同郭燕路晨阳苏丹胡艳超李磊张勇杨铁林周芙玲
- 关键词：大学生
