韩葳葳
- 作品数：30 被引量：38H指数：5
- 供职机构：吉林大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金吉林省自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：理学生物学医药卫生化学工程更多>>
- Furcatin水解酶的三维结构模建和与furcatin的对接研究被引量：2
- 2005年
- 利用同源模建和动力学模拟方法,模建了furcatin水解酶(FH)的三维结构.并在这基础上,分析了活性位点的组成和结构.研究了furcatin与FH的对接.结果表明,Ser84,Arg146,Thr189,Thr234和Gly372在复合物的形成过程中起重要的作用.其中,Ser84,Arg146和Thr189是在FH的活性口袋的二糖部分的亚单位-1中重要的氨基酸,Thr234和Gly372是亚单位-2中重要的氨基酸.
- 韩葳葳李泽生潘秀梅郑清川孙家钟
- 关键词：同源模建分子动力学
- 大肠杆菌中高丝氨酸琥珀酰基转移酶的同源模建与对接研究被引量：5
- 2008年
- 利用同源模建和分子动力学模拟方法,模建了大肠杆菌中高丝氨酸琥珀酰基转移酶的三维结构.分析了活性位点的组成,从结构上佐证了Cys142而不是Lys47为亲核进攻的残基,并通过与其天然底物琥珀酰-辅酶A的对接研究,从理论上确认了对复合物形成起到重要作用的氨基酸残基.
- 周奕含李泽生韩葳葳姚远
- 关键词：同源模建分子动力学
- 嗜热酯酶EstTs1的远源三维结构模建及分子对接
- 2011年
- 利用Phyre网络服务器,构建嗜热酯酶EstTs1的三维结构,并通过分子动力学优化构型,得到了可靠的构型.分子对接研究表明,p-硝基苯基丁酸酯是EstTs1的最适底物,其大小正适合EstTs1的活性口袋.Thr111是底物与酶结合的重要残基,与底物形成了氢键;Ser85是重要的催化残基.
- 詹冬玲邵鸿泽韩葳葳刘景圣
- 关键词：分子对接
- 一种来源于膳食蛋白的抗氧化肽HYHE及其应用
- 本发明涉及抗氧化肽技术领域，具体是一种来源于膳食蛋白的抗氧化肽HYHE及其应用。抗氧化肽的氨基酸序列为HYHE，如SEQ ID NO:1所示。该抗氧化肽基于抗氧化肽预测平台Pred5AOP预测得到；通过胰蛋白酶和胃蛋白酶...
- 韩葳葳张研唐艺嘉李婉南
- 松香酸在制备治疗和/或预防高尿酸血症的药物中的应用
- 本发明提供了松香酸在制备治疗和/或预防高尿酸血症的药物中的应用，属于生物医药技术领域。本发明首次通过酶活测定实验结合分子对接模拟，证实了松香酸在高尿酸血症中的潜在治疗作用，通过抑制黄嘌呤氧化酶的活性，可有效的减少尿酸的生...
- 李婉南戴惠咛钱志明许肖付学奇韩葳葳韩璐高波
- 嗜热蛋白酶PH1704别构中心量子化学计算与突变体动力学被引量：6
- 2014年
- 通过量子化学计算，确定嗜热菌PyrococcushorikoshiiOT3的PHl704蛋白酶别构位点的关键残基为Argll3，Tyrl20和Asnl29．其中，Argll3及Asnl29与别构抑制剂结合，参与别构调控．Tyrl20残基位于亚基交界面附近，并与亲核残基Cys100之间以氢键相连，可通过影响亚基聚合来影响酶的亲核催化．DJ-1超家族的4种构建蛋白的结构显示，120位点位于亚基交界面处，影响亚基的聚合，进而影响蛋白酶的活力，并间接参与别构调控．分子生物学实验显示，突变体R113T／Y120P／N129D的kcat/km（L·μmol^-1·min^-1）值是野生型kcat/km。值的6倍，h系数由野生型的0．86转变为1．3，负协同效应消失．113和129位点处阴离子别构剂脱离，从而破坏113，120和129位点间的封闭环结构，使AC交界面胡螺旋（124～129，524—529）间聚合度增强；120位点残基由rryr转变为Pro，与Cys100间氢键断裂，亲核进攻的阻力减小，从而使酶活力提高，别构负调控消失．
- 詹冬玲高楠韩葳葳冯雁
- 关键词：嗜热蛋白酶量子化学计算定点突变
- 黑色食物活性物质研究
- 2019年
- 黑色食品包含黑芝麻、黑米、黑豆、黑花生、黑木耳等众多食物种类,并且各个具有不同功效和食用方法,其中黑豆多肽含量多达36%~40%,黑花生中油酸的含量高达50%以上,大多黑色食物含有大量花青素、黄铜和酚类物质,这些物质对保肝护肾、预防肥胖,改善血糖和抗氧化方面有着巨大作用,本文对黑色食物的活性成分、作用及巨大的发展潜力做了介绍。
- 梁馨之李婉南韩璐常浩韩葳葳
- 关键词：黑色食物肝损伤发酵抗氧化
- 一种黄嘌呤氧化酶抑制剂及其筛选方法和应用
- 本发明提供了一种黄嘌呤氧化酶(XO)抑制剂及其提取方法和应用，属于医药技术领域。本发明提供的黄嘌呤氧化酶抑制剂，包括泽兰色原烯、枯醇和1,5,8‑对薄荷三烯中的至少两种。本发明提供的XO抑制剂能够与XO的活性中心形成Pi...
- 韩璐刘新胜韩葳葳董占德高波李婉南
- 文献传递
- 自分泌运动因子(ATX)抑制剂结合位点的预测及其与rPAI-1的分子对接
- 2014年
- 利用复合物指纹的虚拟筛选预测自分泌运动因子(ATX)抑制剂的结合位点,并通过与24个抑制剂(10个脂质和脂基抑制剂,14个小分子抑制剂)分子对接和动力学模拟表明,Thr209,Asp172,Tyr306,Phe210,Leu243,Leu213和Phe274是抑制剂结合位点的重要残基,且这些残基均通过侧链与抑制剂作用.利用3D-partner预测出与ATX结合的蛋白为纤溶酶原激活物抑制剂1(rPAI-1),并通过同源模拟,得到rPAI-1的分子结构.利用软件GRAMM将ATX与rPAI-1分子结构相结合,并通过分子动力学模拟确定与大分子抑制剂rPAI-1作用的ATX重要残基Glu155和Ala158.
- 詹冬玲郑明珠韩葳葳刘景圣
- 关键词：自分泌运动因子
- 基于分子动力学模拟的VmoLac非特异性底物催化活性的理论研究被引量：1
- 2021年
- 采用分子动力学模拟方法研究了VmoLac的非特异性底物催化活性,模拟了VmoLac/3-oxo-C10-AHL,VmoLac/3-oxo-C6-AHL,VmoLac/γ-nonalacton和VmoLac/ethyl-paraoxon 4个复合物.分析了分子动力学模拟过程中不同底物结合引起VmoLac构象变化的主要原因.结果表明,3-oxo-C10-AHL和γ-nonalacton的结合会使VmoLac活性口袋附近的Loop8结构域运动明显,利于底物结合在Loop8疏水通道外侧进而引起催化反应;VmoLac活性口袋周围的门控残基W264和Y230之间距离的变化会影响底物的结合;Y98与长链内酯、壬内酯的羰基碳之间形成的进攻距离较小,而与短链内酯的羰基碳以及对氧磷的磷原子之间形成的进攻距离较大,短的距离更有利于发生亲核进攻反应;D257是引发VmoLac催化反应的关键残基;当VmoLac催化3-oxo-C10-AHL和γ-nonalacton时,D257与极化水以及底物形成更多的氢键,使底物与酶更容易结合.从理论催化机制角度解释了VmoLac催化长链内酯(3-oxo-C10-AHL)比短链内酯(3-oxo-C6-AHL)的能力强,催化壬内酯(γ-nonalacton)比对氧磷(ethyl-paraoxon)能力强的原因,为实验结果提供了理论证明.
- 李聪聪刘明皓韩佳睿朱镜璇韩葳葳李婉南
- 关键词：分子对接分子动力学模拟
