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人感染H7N9禽流感分布异常及其异常起源之可能被引量：18: 2013年; 目的对今年2月我国发生的人感染H7N9禽流感流行分布和起源进行分析。方法应用描述性研究,对WHO和我国资料以及相关疾病流行史进行比较。结果 5种异常:流行强度:3个月内病例多,涉11个省市;而人H5N1禽流感7个月仅18例;地区和传染源栖居点:人禽流感(h-AI)应发生在野或家禽已有该型病毒流行之地;虽在韩蒙多国检出H7N9 AIV,但我国从未见;新H7N9 AIV也限在3活禽市场;年龄分布:发病平均年龄为59.02岁,主要原因是h-H7N9 AIV对我国为全新病毒:老人毫无特异免疫,非特异免疫低下,易感性最高;传播方式异常:已有3起家庭聚集,其中1起存在有限的人传人;而人H5N1禽流感首发后7年才有。结论人H7N9禽流感和人禽流感甚至人兽共患病的流行自然史明显不符,不能排除h-H7N9 AIV异常起源之可能。; 徐德忠张扬王波唐晓凤张景霞孙慧敏张磊陈长生; 关键词：禽流感流感流行病学研究

SARS病毒和其他冠状病毒中性突变速率初步的比较研究被引量：4: 2011年; 目的比较SARS冠状病毒(SARS-CoV)与第1至第3组(其他3组)冠状病毒的中性突变速率之异同,为更深入研究SARS-CoV起源提供新的思路。方法在美国国立生物技术信息中心中获取其他3组26条病毒序列,同时选取7条SARS-CoV序列。计算各病毒株5个主要基因串联序列的同义替换核苷酸的数量(Ks值),以此值与时间创建散点图,并进行直线拟合,取得各自中性突变速率并比较。结果 SARS-CoV中性突变速率为7.33×10-6/位点.天,而其他3组冠状病毒为2×10-6/位点.天,仅约前者的1/3.5,但决定系数R2极低,无意义。经多种拟合检验,发现标本量和离散性不是本文R2低值的主要原因。结论用同一方法对SARS-CoV和其他3组冠状病毒的中性突变速率进行比较研究,结果显示两者明显不同或具不同的模式;提示和其他3组冠状病毒相比较,SARS-CoV在分子进化或起源模式上似有特别之处。; 孙慧敏唐晓凤王波谭雅慧于晓寒张景霞闫永平夏结来徐德忠; 关键词：SARS病毒冠状病毒科

逆向进化:SARS CoV非自然起源之关键: 2014年; 我们已从临床、流行病学和分子进化之反常等几个方面阐明了（SARS CoV的非自然起源。本文将全面深入描述SARS CoV系统发育中发生的逆向进化这一关键过程。逆向进化定义为“再获得祖先状态”，常发生在生存景观或环境的，受化使生物不适应甚至无法生存时。SARS CoV的逆向进化主要表现：①2003～2004年广州爆发SARS CoV与2002～2003年流行早期病毒之亲缘较晚期更近以及流行中SARS CoV阳性选择压逐渐下降；②在不同宿主不同流行阶段，均可发现SARS CoV受体结合位点重要氨基酸（尤其487、479二位）和SARS CoV ORF8特征性29-nt的逆向进化；③2003～2004年广州爆发病例的SARS CoV中ORF 1a基因nt.6295突变，导致SUD出现一个终止密码子，使其基因发生回复变化，不能适应人类宿主。由于SARS CoV：①离祖先病毒株仅约4年多时问，敞无法在人类亲缘关系很近的动物体内做适应试验；②迅即进入人类全新之环境，易保持祖先的永久遗传变异；③流行中阳性选择压不断降低，为逆向进化创造条件。故进人人群一年后毒力和传播力明显下降，不久即在人类和自然界消失，这是其最佳归宿。所以，其起源、进化和消失过程假设如下：蝠株（亲代3）→基因改造株1（亲代2）→基因改造株2（亲代1）→2002～2003年狸株→2002～2003年人株→2003～2004年狸株→2003～2004年人株→？→？→消失。因事关人类健康，再次吁请卫生部正式向WHO申请组织专家委员会，实证自然界和人群中已尤SARS CoV，并予宣布。; 徐德忠张景霞张磊孙慧敏; 关键词：SARS冠状病毒基因改造流行病学

SARS CoV非自然起源被引量：2: 2013年; 我们在国际上首次判明自然界根本不存在SARS CoV贮存宿主,其由Bt-SLCoV经"非自然(基因改造)"产生。此意味着人类已进入经"新型人工病毒"致全球性流行的时代。我们按透过现象看本质之思维,从SARS流行病学和临床特征明显反常这一事实,进一步阐明其非自然之起源:①流行早、中期广东省病例均在广州的西面和南面,而东面和北面无1例;②2003-12~2004-01,广州爆发4例,症状轻,无续发,均因SARS CoV在人群中逆向进化所致,随后在2004-03~04实验室爆发9例,亡1例,且极具超级传播性,与2002~2003年流行一致,未经逆向进化;③作为特定传染源——受染果子狸仅在深圳和广州2个动物市场,可为非自然引入所乘。故人类正面临空前威胁,应群起应对。; 徐德忠张磊孙慧敏于晓寒; 关键词：SARS冠状病毒流行病学基因改造

现在自然界和人群中已不存在非典病毒被引量：5: 2013年; 非典(SARS)流行至今已近10年,虽被进行了全面广泛深入的研究,但其起源和贮存宿主仍不明确。我们发现SARS的流行自然史和迄今世界上的传染病均不相符,其原因是非典病毒(SARS CoV)经"非寻常进化"方式,很可能是"非自然"方式进入人群。对几乎所有的SARS CoV基因变异、进化、跨种传播等既往研究,我们进行重新审视并综合分析,发现以往研究多从微观和一个侧面思考问题,而本文则从全新之视角,结合流行病学和生物进化理论,首次阐明:SARS CoV经历了逆向进化;自然界根本不存在SARS CoV的直接祖先和贮存宿主,故其流行后即从人群和动物界消失。因此建议卫生部正式向WHO等有关国际机构申请组织专家委员会,实证自然界和人群中已无SARS CoV,并予宣布。; 徐德忠孙慧敏谭雅慧; 关键词：SARS冠状病毒流行病学

SARS-CoV中性突变速率和有根系统发育树再研究及其起源的新思考被引量：3: 2012年; 目的 SARS-CoV起源仍未清楚,本文应用系统发育分析方法重建有根系统发育树,比对文献资料,提出SARS-CoV起源的新思考,为最终找到SARS-CoV的真实起源打下基础。方法在美国国立生物技术信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)中获取9条SARS-CoV序列。计算其同义替换核苷酸的数量(Ks值),并构建散点图,进行直线拟合,获得SARS-CoV的中性突变速率;进一步计算最近共同祖先日期(time ofmost recent common ancestor,TMRCA),最后绘制系统发育树。结果 SARS-CoV中性突变速率为7.6×10-6/位点.天(t=18.95,P<0.001),R2=0.98,直线拟合的可信度较高。绘制出的有根系统发育树发现有异常之处,并和有关文献无根树对照,提示SARS-CoV进化上存在"逆向进化"。结论 SARS-CoV在流行中出现"逆向进化",SARS-CoV的起源可能是非自然性的,可能是非完全动物源性。; 谭雅慧孙慧敏唐晓凤张景霞于晓寒王波夏结来徐德忠; 关键词：SARS病毒突变

京、港、台和新加坡SARS流行室模型的新分析和群体防控度的提出与思考被引量：1: 2013年; 目的 SARS病毒起源至今未搞清,必须对其流行重新审视;本文提出室模型新的思路,比较四地流行的群体防控度,为重新探讨病毒起源开辟新的模型实践。方法赋予室模型主要参数传播力(Ka)和群体防控力(Ke)新的定义,并提出"群体防控度(Ke/Ka)"新参数;采用NOSA软件进行SARS流行曲线拟合并计算相关参数以相关分析法筛选Ke/Ka的影响因素。结果 Ka和Ke由高到低依次均为新加坡、北京、台湾、香港;Ke/Ka由高到低依次为新加坡、台湾、香港、北京。SARS病毒传入某地区时间越晚,发病人数越少,病例最高峰数值越小,Ke/Ka值越大,提示对抗传播和流行的综合力度越强。结论新参数Ke/Ka能够综合反映传播和防控相互作用的力度;并能为将来揭示SARS病毒起源的新路径提供模型支持。; 于晓寒王波唐晓凤张景霞谭雅慧孙慧敏徐德忠夏结来; 关键词：SARS病毒

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孙慧敏

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