王翼飞
- 作品数：78 被引量：246H指数：10
- 供职机构：中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划上海市教育委员会重点学科基金更多>>
- 相关领域：理学生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 基于信噪比的蛋白质相互作用的预测被引量：4
- 2008年
- 蛋白质间的相互作用在生命体中扮演着关键的角色.将改进的共鸣识别模型应用于预测酵母蛋白质间的相互作用,并改用信噪比为判别参数.此判别参数与之前的判别参数——峰值相比,在保证较高预测精度的基础上,还可以很好地区分阳性数据和随机数据,从而也就能较好地处理过度拟合的问题.
- 冯铁男江浩王翼飞
- 关键词：离散小波变换酵母蛋白质信噪比
- 双模糊渐进直推式支持向量机算法被引量：10
- 2009年
- 直推式支持向量机(TSVM)是支持向量机与直推式学习相结合的重要算法.文中为TSVM中的临时标签样本引入双模糊隶属度以及样本修剪策略,构建一种双模糊渐进直推式支持向量机(BFPTSVM)算法.该算法可有效降低TSVM的计算复杂度及核存储量.模拟实验表明该算法可取得比其他算法更好的分类性能,并且具有较快的收敛速度.
- 彭新俊王翼飞
- 关键词：直推式学习
- 基于残基序列信息的蛋白质相互作用位点预测(英文)被引量：2
- 2008年
- 蛋白质相互作用位点在细胞进程中有着非常重要的作用.尽管利用高通量方法发现蛋白质相互作用位点取得很大的成功,仍需要计算方法辅助预测实验中的相互作用位点.本文提出了基于残基序列谱、进化率和疏水性的预测异源蛋白质复合物作用位点的两种向量表示方法并以支持向量机实现预测.其中,提出新的向量表示法取得更好的预测性能.文中的数据集由66个异源复合物蛋白质链组成.
- 彭新俊王翼飞
- 关键词：支持向量机疏水性向量表示
- 一种糖尿病动物模型基因芯片的聚类分析
- 2010年
- 建立一种基因表达谱的聚类分析模型,通过信噪比处理、聚类结果的分析比较、相应标记的寻找,为芯片数据的后续分析以及寻找差异基因提供一种有效的方法.对一种糖尿病动物模型的小鼠基因表达谱进行实际分析,获取了有意义的结果,从而为糖尿病的快速和早期临床医学诊断提供有效的技术支撑.
- 沈青松黄文佳吕玉龙王翼飞
- 关键词：基因表达谱聚类分析差异基因
- ANN-CE:一种预测DNA结合位点的改进神经网络方法被引量：1
- 2005年
- 基于误差平方和最小原则的神经网络方法并不适于解决DNA结合位点的预测问题,提出了一种改进的神经网络方法(ANN CE)被用于对DNA结合位点进行预测.这是一个以交叉熵函数为目标函数的三层反向传播神经网络.计算结果表明,与基于误差平方和最小原则的同规模BP网络相比,其对DNA结合位点预测的敏感性Sn(sensitivity)和特异性Sp(specificity)可分别提高11.40%和11.91%.
- 徐东王翼飞
- 关键词：神经网络方法结合位点反向传播神经网络BP网络熵函数点预测
- 基于小波变换的蛋白质与DNA相互作用的计算机预测
- 2010年
- 蛋白质与DNA的相互作用在细胞的转录调控和DNA修饰等活动中至关重要.将改进的共鸣识别模型应用于预测酵母蛋白质与DNA的相互作用,运用小波变换找出阳性数据和随机数据的信噪比分布的差异,并通过阈值的选取达到了较好的预测结果.同时,将阳性数据与相应复合物的序列进行序列联配,找到了保守位点,进而从结合位点的角度验证了本方法的正确性.
- 江浩冯铁男秦殿刚王翼飞
- 关键词：离散小波变换信噪比
- 带小参数的反应—扩散方程组的数值方法
- 1991年
- 本文讨论带小参数的反应—扩散方程组的数值方法.由于边界层效应,使得这类问题的数值求解十分困难.我们根据奇异摄动理论和Green函数方法建立起一种适合求解这类问题的差分格式.在文中,我们引入了可行等距度α,并证明了若a≥2则格式在l_1(m)意义下一致收敛且收敛阶为O(h+△t).
- 潘仲雄王翼飞
- 关键词：差分格式
- 基因调控网络中的延滞动力学被引量：1
- 2007年
- 由于基因调控网络中生物化学反应的时间多尺度性,如DNA与蛋白质结合以及蛋白质聚合等快速反应、转录翻译和降解等慢速反应,延滞现象在基因调控网络中普遍存在.文中提出一种延滞基因调控网络的随机模型,并且从矩方程和改进的Gillespie算法对模型进行探讨.还分别考虑了单基因延滞自调控网络和双基因延滞调控网络的例子,计算机模拟计算结果表明,基因调控网络中的延滞可以诱发调控产物浓度的随机振荡,这与实验结果相当吻合.
- 张家军蔡传政王翼飞
- 关键词：基因调控网络主方程
- 基于离散小波变换的膜蛋白跨膜螺旋区段预测被引量：2
- 2008年
- 基因组计划所产生的大量蛋白质序列迫切需要从理论上预测跨膜螺旋区段.文中采用基于离散小波变换的方法预测膜蛋白跨膜螺旋区段的数目和位置.以PDB代码为1KQG的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程.从最新的MPtopo数据库中随机抽取80条三维结构已知的膜蛋白序列作为测试集(含325个跨膜螺旋区),采用该方法对跨膜螺旋区段进行预测,其中312个跨膜螺旋区被准确预测到,预测准确率为96.6%.并将预测结果与7种常用预测方法的主要预测结果进行了比较.结果表明,该文提出的方法具有较高的预测准确度.
- 于彬王广彬王翼飞
- 关键词：离散小波变换膜蛋白疏水性
- 生化反应系统的加速τ-Leap模拟算法
- 2011年
- 该文重新定义了临界反应,以更合理地界定可能出现负分子组分的反应.在此基础上提出了加速τ-leap算法,使系统中某些反应物数目较少时也可以采用τ-leap方法进行模拟,同时提高了模拟速度.以两个生化反应系统模型为例,分别用精确的随机模拟算法、修正τ-leap算法和加速τ-leap算法进行模拟运算,结果表明加速τ-leap算法在保证精度的同时能有效提高模拟速度.
- 衣娜庄刚王翼飞
- 关键词：随机模拟算法生化反应系统
