魏民
- 作品数：43 被引量：335H指数：11
- 供职机构：中国疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家杰出青年科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学文化科学更多>>
- 中国HIV-1主要流行重组株B/CTat基因第一外显子序列特征分析被引量：2
- 2006年
- 目的研究我国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)流行重组株B/CTat基因第一外显子变异特点,探讨这些变化对其功能的影响。方法从确诊的HIV-1感染者全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增和测序。使用GCG和Bioedit软件中的程序进行系统进化树和氨基酸变异分析,同时进行网上三级结构预测。结果总计154份样品中CRF07-BC为120份,CRF08-BC为34份,两种亚型有较广泛的分布,CRF07-BC与标准株的平均基因离散率为(5.748±1.352),CRF08-BC与标准株的平均基因离散率为(1.259±1.931)。结论我国流行重组株CRF07-BC比CRF08-BC有较长的流行时间,CRF07-BC与CRF08-BC基因第一外显子氨基酸相比,主要为半胱氨酸富含区和核心区的变化。在这两个区位点变化可能影响Tat与细胞因子如cyclinT1的结合能力,而成为CRF07-BC在我国流行中获得传播优势的原因。
- 黄海龙邢辉马鹏飞关琪魏民洪坤学陈建平梁浩司雪峰全宇谢必峰邵一鸣
- 关键词：HIV-1
- 甘肃省HIV-1毒株基因序列测定和亚型分析被引量：4
- 2005年
- 目的对甘肃省流行的艾滋病病毒(HIV)开展分子流行病学调查。方法用套式聚合酶链反应对23份甘肃省HIV-1感染者外周血淋巴细胞中前病毒脱氧核糖核酸(DNA)的膜蛋白基因进行扩增,并对C2-V3及其邻区300个核苷酸序列进行测定和分析。结果甘肃省流行的HIV-1分属B’亚型(6例)、C亚型(1例)、CRF-BC亚型(16例)。其中CRF-BC亚型(70%)为主要流行毒株。结论甘肃省HIV-1流行亚型以重组毒株CRF-BC为主,在吸毒人群中广为流行;加强对高危人群监控,是遏制艾滋病在甘肃省蔓延的重中之重。
- 王炳涛邢辉于爱玲邱照铸石林魏民席沧海马鹏飞赵煜君邵一鸣
- 关键词：艾滋病病毒1型
- 天津市2014-2016年新诊断艾滋病病毒合并丙型肝炎病毒感染者丙型肝炎病毒基因型分布特点被引量：1
- 2019年
- 目的了解天津市2014-2016年新诊断艾滋病病毒(human immunodeficiency virus,HIV)合并丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)感染者HCV基因型分布特征。方法收集2014-2016年天津市新诊断HIV合并HCV感染者(63例)的性别、年龄、传播途径,并进行HCV基因型检测。同时随机入组天津市第二人民医院同期确诊的65例单纯HCV感染患者,并行HCV基因型检测,统计2组患者HCV基因型分布的差异。结果 2014-2016年,新诊断HIV感染者2 189例,HIV合并HCV感染患者占2.88%(63/2 189),其中HCV RNA阳性率为68.25%(43/63),HCV基因型以3型居多(48.84%,21/43),传播途径以静脉吸毒为主(93.65%,59/63)。单纯HCV感染者1b型最常见(69.23%,45/65),其次为2a型(21.54%,14/65),传播途径主要为输血(90.77%,59/65)。结论天津市新诊断HIV感染者以青年男男性行为人群为主,HIV合并HCV感染者与HCV单纯感染者的HCV基因型分布有明显差异,提示在HIV和HCV抗病毒治疗中需考虑这些情况。
- 马萍王子瑜张德发高丽英吴月于芳芳于爱平魏民邵一鸣
- 我国人类免疫缺陷病毒-1主要流行株外膜蛋白基因V3-V4区及其临近区域的特征性氨基酸分析被引量：7
- 2005年
- 目的鉴定我国HIV-1主要流行毒株亚型的envV3-V4区及其临近区域的特征性氨基酸,并阐明其在追踪传染源和研究疫苗中的作用。方法应用nested-PCR对157份来自我国12个省份的HIV-1毒株env区序列进行扩增,并使用ABI377型测序仪测序,然后应用BLAST、GCG、MEGA和VESPA等生物学软件或程序对env基因V3-V4区及其临近区域序列进行基因型鉴定、系统树分析及特征性氨基酸鉴定。结果157份样本包括54份B′(34·40%)、61份B′/C(38·85%)和42份CRF01-AE(26·75%)毒株。系统树分析结果显示,B′亚型毒株序列均与B·CN·RL42十分接近,B′/C毒株主要与97CN54A和97CNGX6F聚成一簇。而CRF01-AE序列与THCM240和97CNGX2F聚在一起,而且分别聚成明显不同的两个亚组。特征性氨基酸分析发现,我国B′和B′/C毒株分别具有8个保守的特征性氨基酸,而且与代表株的相同位点氨基酸基本一致。而CRF01-AE重组毒株具有11个保守的特征性氨基酸,其中有9个位点与97CNGX2F和TH·CM240不一致。包括这9个特征性氨基酸的样本主要来自除云南省以外的其他省份。结论目前流行于我国的B′和B′/C毒株具有单一的共同传染源,而CRF01-AE毒株可能是通过不同输入源或不同传播途径先后从泰国传入我国的。这将对我国艾滋病防治策略的制定和正在进行的疫苗研究具有重要的指导意义。
- 梁浩邢辉Jonathan Z.Li魏民洪坤学冯毅赵全壁陈建平全宇滕涛邵一鸣
- 关键词：人类免疫缺陷病毒-1氨基酸分析特征性外膜蛋白基因流行株亚型毒株
- 我国HIV-1 B′亚型毒株gag基因变异特征研究被引量：1
- 2007年
- 目的研究我国人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)B’亚型主要流行株在宿主免疫压力下的基因变异及抗原表位的变化特征,探讨选择压力、基因离散率和抗原表位变化之间的关系。方法从确诊的HIV-1感染并的全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增后,将扩增产物进行纯化和测序。然后将所得序列进行系统进化树和氨基酸变异分析,使用GCG软件包的Distance程序对P17和P24两个区段计算基因距离,用Diverge程序计算同义替换(Ks)和非同义替换(Ka)及二者之间的比值,并对我国人群中较常见的HLA型别限制的CTL表位的突变情况进行分析。结果HIV-1 B’亚型毒株的P17区段的Ks/Ka值<1,而P24区段的Ks/Ka值>1;P24部分的基因离散率低于P17部分;P17区段抗原表位的保守率为34.94%,而P24区段抗原表位的保守率为67.38%;从基因离散率、所受的选择压力及抗原表位的突变率3个方面来看,HIV-1的P17区段均明显大于P24区段。结论HIV-1 B’亚型毒株的P17区段的抗原表位变化较大,而P24区段的抗原表位相对较为保守。提示P24区段的CTL表位更适合于表位疫苗的研制。
- 关琪邢辉黄海龙魏民洪坤学马鹏飞司雪峰陈健平梁浩张卓然邵一鸣
- 关键词：HIV-1基因型抗原表位
- 我国HIV-1主要流行株外膜蛋白(env)基因V3～V4区变异及其与生物学特性的关系被引量：30
- 2005年
- 目的 研究我国HIV 1主要流行毒株亚型的envV3～V4区变异与生物学特性的关系。方法 应用nested PCR对 1 57份获自我国 1 2个省份的HIV 1毒株env区序列进行扩增 ,并使用ABI 377型测序仪测序 ,然后应用BLAST、GCG和MEGA等生物学软件或程序对env基因V3～V4区序列进行分析。结果 B′亚型毒株V3顶端四肽存在着 4种类型 :GPGR ( 54% )、GPGQ ( 2 8% )、GPGK( 1 6 % )和GPGA( 2 % ) ,B′/C重组毒株全部为GPGQ( 1 0 0 % ) ,CRF0 1 AE重组毒株呈现GPGQ( 95% )和GPGR( 5% )两种类型 ;B′/C和CRF0 1 AE重组毒株V3～V4区及其临近区域N 糖基化位点比B′亚型毒株N 糖基化位点保守。而B′亚型毒株V3环的净电荷分别显著高于B′/C和CRF0 1 AE毒株 (P <0 .0 1 ) ;根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况的结果显示 :B′亚型毒株有 9.2 6 %可能使用CCR5,7.4 1 %可能使用CXCR4 ,其余 83.33%不能对辅助受体的使用作出预测。所有B′/C重组毒株被预测可能使用CCR5。CRF0 1 AE重组毒株有 90 .4 8%被预测可能使用CCR5,没有被预测为使用CXCR4的序列 ,9.52 %不能作出预测。结论 B′亚型毒株大部分可能为NSI型 ,少部分可能为SI型 ,而B′/C和CRF0 1 AE重组毒株绝大部分为NSI型。我国主要流行株的V3～V4区尤其是V3环的氨基酸?
- 邢辉梁浩洪坤学魏民赵全壁冯毅陈建平全宇滕涛邵一鸣
- 关键词：生物学特性流行株NESTED-PCRHIV-1毒株亚型毒株辅助受体
- 中国艾滋病病毒1型AE循环重组型毒株env基因的变异和进化分析被引量：16
- 2003年
- 目的 研究中国艾滋病病毒 1型 (HIV 1)AE循环重组型 (CRF0 1 AE)毒株env不同基因区序列变异的特点及其与进化压力的关系。方法 应用巢式聚合酶链反应 (nested PCR)对从全国部分省收集来的HIV 1感染者血液样本中的HIV 1外膜蛋白 (env)基因进行扩增和亚型鉴定后 ,选择 3 4份CRF0 1 AE重组型HIV 1毒株env基因V3～V4区及其邻近区域的序列进行系统进化树和氨基酸变异分析 ,并计算和分析氨基酸同义替换 (Ks)值和非同义替换 (Ka)值及Ks Ka比值。结果基因系统树显示中国的 3 4份样本CRF0 1 AE重组型毒株与我国代表株AE .97CNGX2F和泰国代表株AE .CM 2 40、AE .93TH2 53聚集在一起。氨基酸替换主要发生在C3和V4区 ,而V3区和V3上游区氨基酸序列相对保守 ,糖基化位点也比较保守。V 3环顶端四肽以GPGQ为主 (87.50 % )。大部分毒株的第 3 0 6和 3 2 0位点上没有出现带正电荷的氨基酸。整个V 3～V4区的Ks值显著高于Ka值(P <0 .0 0 1) ,且Ks Ka比值显著高于 1(P <0 .0 0 1) ,只有V4区Ks Ka比值显著低于 1(P <0 .0 1)。结论 目前多数流行于中国的CRF0 1 AE重组型HIV 1毒株具有较高的同源性 ,在进化上关系密切。氨基酸替换主要发生在C3和V4区 ,而不是V3区。由于大部分毒株的第 3 0 6和 3 2 0位点上没有出现带正电荷的?
- 梁浩邢辉魏民陈钊关琪黄海龙全宇陈健平洪坤学施侣元邵一鸣
- 关键词：艾滋病病毒1型ENV基因基因变异巢式聚合酶链反应
- 中国HIV-1感染者中分离单克隆中和抗体的初步研究
- 2017年
- 目的从中国人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus-1,HIV-1)感染者中分离单克隆中和抗体,并对其生物活性进行初步鉴定。方法采用抗原特异性单个B细胞分选和单克隆抗体表达技术从感染者中分离单克隆抗体,采用免疫遗传学数据库(immunogenetics database,IMGT)分析抗体的可变区基因,采用酶联免疫吸附实验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)检测抗体的结合能力,采用TZM-bl/假病毒中和实验检测抗体的中和能力。结果从一个HIV-1CRF07_BC病毒感染者中分离到了两个单克隆抗体(A1和A6);两个抗体的重链来源于不同家系(IGHV5-51*01和IGHV4-59*01),轻链分别利用lambda链和kappa链,可变区基因的突变率较低;两个抗体与CRF01_AE、B亚型和CRF07_BC病毒的结合能力较强,可以中和Tier 1的SF162病毒(B亚型)和MW965病毒(C亚型),不能中和12个Tier 2的病毒(Global Panel)。结论本研究成功分离到了两个具有交叉反应性的单克隆中和抗体,丰富了HIV-1中和抗体的研究,也为艾滋病的抗原检测和治疗等应用领域提供备选的免疫制剂。
- 鞠斌李丹任莉郝彦玲张蕾王硕魏民邵一鸣
- 关键词：中和活性
- 利用单个B细胞分选方法获得HIV-1单克隆抗体基因及功能鉴定被引量：2
- 2018年
- 目的从人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus-1，HIV-1）感染者中获得单克隆抗体基因及功能鉴定。方法单细胞流式分选得到抗原特异性单个B细胞，基因扩增和测序得到抗体可变区序列，BioEdit软件包中Sequence Identity Matrix程序分析基因序列一致性，免疫遗传学数据库分析抗体基因家系和突变率，酶联免疫吸附试验测定抗体结合能力，TZM-bl/假病毒试验检测抗体中和能力。结果从3个HIV-1感染者中分别获得了4个、7个和11个不同抗体的重链和轻链基因序列，其基因家系、CDR3长度和突变率广泛多样；验证了一个感染者的4个抗体基因序列，抗体A1和B3是HIV-1单克隆结合抗体，能同时与B亚型、CRF01_AE和CRF07_BC抗原蛋白结合；A1和B3也是HIV-1单克隆中和抗体，能够中和C亚型的MW965病毒，50%抑制浓度分别为0.04 μg/ml和37.34 μg/ml。结论本研究成功获得了大量的单克隆抗体基因，并对其中的部分序列进行了功能验证，为单克隆抗体的分离和鉴定等研究工作提供了基础。
- 鞠斌鞠斌郝彦玲李丹任莉梁华王硕侯佳利魏民
- 关键词：抗体基因中和活性
- 具有抑制HIV-1的卷曲螺旋结构蛋白8及其应用
- 本发明涉及一种新的具有抑制人类免疫缺陷病毒(HIV‑1)的卷曲螺旋结构蛋白8及其应用。本发明提供的人体细胞产生的卷曲螺旋结构蛋白8(Coiled‑coil domain containing protein 8，CCDC...
- 魏民 邵一鸣 劳闰斯·克雷曼
- 文献传递
